Wewnętrzny błąd może posiadać kilka przyczyn:
1. Błędy pliku .htaccess (np. obecność wpisu 'Options FollowSymLinks', próby zmiany konfiguracji PHP itd);
2. Złe uprawnienia dla folderu lub pliku (maksymalne dopuszczalne to odpowiednio 755 i 644);
3. Niekompatybilna wersja lub błędy (naruszające bezpieczeństwo) w kodzie PHP;
4. Zbyt duże obciążenie wygenerowane przez skrypt* (zwykle błąd występuje okresowo, co pewien czas);
5. Zły folder źródłowy podpiętej domeny.